Ačkoliv patří českobudějovická katedra výtvarné výchovy PF JU k menším oborovým pracovištím ČR, disponuje funkčními a reprezentativními prostory určenými jak k výuce teoretických disciplín, tak k výuce výtvarné přípravy budoucích pedagogů či realizaci konferenčních setkání.

Současné a plně funkční prostorové rozvržení pracoviště je výsledkem rozsáhlé revitalizace katedry, která byla provedena dílem kvůli ničivým povodním (2002) a v neposlední řadě také díky dlouho plánované a později realizované nové půdní vestavbě (2003) budovy Dukelská 9, ve které je pracoviště několik desítek let umístěno.

Katedra výtvarné výchovy spravuje a využívá např. výukové prostory v již zmíněné nejvyšší etáži budovy Dukelská (3. a 4. patro), kde je kromě administrativního zázemí (sekretariátu, kabinetů většiny interních vyučujících a katedrálního archivu) umístěno také několik učeben a atelierů:

• Atelier kresby (D401) Menší ateliérový prostor je, jak již jeho označení napovídá, využíván zejména k lekcím kresby, ale také k dílčím seminářům výtvarné přípravy či k realizacím lekcí z oblasti galerijní pedagogiky apod.
• Atelier malby (D403) Největší ateliérový prostor katedry je určen k výuce plošných výtvarných disciplín, zejména malby. Využíván je, mimo jiné, také ke kurzům figurální kresby apod.
• Atelier grafiky (D407) Menší, ale plně vybavený atelier je primárně určen k výuce reprodukčních grafických technik. Jsou v něm umístěny dva grafické lisy, leptací box apod. Výjimečně slouží také ke komorním seminářům teorie výtvarných činností.
• Učebna teorie (D409) Jedná se o největší přednáškový prostor katedry. Probíhá zde většina výuky oborové teorie jako je například výuka dějin výtvarné kultury, teorie výtvarné výchovy apod. Učebna je též využívána ke konání konferenčních jednání, akademických obcí katedry či Státním závěrečným zkouškám a obhajobám kvalifikačních prací.

Další prostory katedry jsou umístěny v suterénních partiích domovské budovy (-2. patro). Jedná se zejména o prostory těžšího ateliérového provozu a prostory charakteru dílenského, prostory skladovací a v neposlední řadě i prostory galerijní, určené k prezentaci tvůrčích výsledků nejen studentů katedry a jejich pedagogů (viz odkazy Galerie D9 a Malá galerie).

• Brusírna skla (D004) Komorní prostor brusičské dílny umožňující realizaci dílčích technických výkonů nejen v rámci sklářské tvorby.
• Atelier keramiky (D008) Ateliér slouží k výuce specializované výtvarné přípravy a navrhování a realizaci všech forem keramické produkce a dílem také k vybraným technikám sklářské tvorby. Vybaven je technickým zázemím nutným k výše uvedeným výtvarně technologickým činnostem.
• Atelier serigrafie (D017) Komorní grafická dílna slouží zejména k výuce sítotisku a drobným výtvarným činnostem.
• Sádrovna (D018) Ryze dílenský prostor sádrovny slouží k přípravě sádrových modelů a forem, sloužících jako přípravná či realizační fáze zejména výuky probíhající v atelieru prostorové tvorby či keramiky.
• Atelier prostorové tvorby (D024) V atelieru je realizovaná valná část výuky spojená s prostorovými výtvarnými činnostmi od klasické studijní přípravy až k realizaci autorských objektů, konceptuálních projektů apod.
• Galerie D9 viz webové stránky Galerie D9.
• Malá galerie viz webové stránky Malé galerie.

Kromě zmíněných prostor v půdní vestavbě a suterénu budovy Dukelská využívá katedra také multifunkční učebnu ve druhém patře téže budovy. Zmíněná učebna (D315) je využívána nejen jako přednášková místnost, ale také jako prostor k výuce výtvarných činností posluchačů, jejichž studijním oborem není primárně výtvarná výchova.